Các phân tích cho thấy, có nhiều nguyên nhân tác động làm cho giá cước vận tải tăng, trước hết phải kể đến các nhân tố khách quan như giá xăng dầu tăng cao, yếu tố đầu vào này chiếm đến 45% chi phí vận chuyển. Ngoài ra, còn nhiều các khoản phụ phí đi kèm như phí cầu đường chiếm 10-20%, các chi phí dịch vụ cảng biển như phí CFS (hàng lẻ), phí lưu kho bãi, lưu container, phí nâng hạ container, phí điều hành bến bãi, phí vệ sinh container, phí đại lý... Chi phí vận tải đường bộ cũng là một gánh nặng đối với DN do địa hình chuyên chở phức tạp, hệ thống hạ tầng giao thông kém phát triển, phương tiện vận tải kém chất lượng, theo tính toán của các chuyên gia, nếu cải thiện được những vấn đề này thì DN có thể hạ giá thành vận chuyển ít nhất là 30%. Đặc biệt, phải kể đến tình trạng cơ sở hạ tầng giao thông đường bộ và cảng biển của VN còn yếu kém, hiện đang bị quá tải và tắc nghẽn nhiều nơi khiến hiệu quả lưu thông thấp, mất nhiều thời gian, hao phí nhiên liệu, xe xuống cấp nhanh, khấu hao cao, trong khi đó các khoản phí giao thông và phí bảo trì đường bộ ngày một nhiều.